Setelah pertemuan dengan spesialis keanehan Izuko Gaen, siswa sekolah menengah tahun ketiga Koyomi Araragi terbangun dalam kehampaan yang aneh dan sepi hanya untuk disambut oleh wajah yang akrab dan menyenangkan di tempat yang sangat asing.
Araragi, dengan bantuan pacarnya Hitagi Senjougahara, bermanuver melalui jaring masa lalunya dan kebingungan masa kini untuk mencari jawaban. Namun, takdir sekali lagi menyerahkannya kepada siswa pindahan eksentrik Ougi Oshino, yang mengajukan proposal tak terduga yang dapat menggali fondasi tempat ia berlabuh. Saat Araragi mengupas lapisan misteri di sekitar penampakan, dia menemukan kebenaran yang tidak dimaksudkan untuk diungkapkan.